Este instituto está formado por un grupo de 25 docentes universitarios y miembros de CONICET, reunidos a fin de nuclear el trabajo sobre Biodiversidad, tanto desde una perspectiva sistemática como ecológica y morfológica. El proceso de creación del Instituto comenzó hace más de 20 años, cuando se inició en un acercamiento desde la sistemática (taxonomía de varios órdenes de insectos, ácaros y moluscos que habitan el fondo de los ríos principalmente, así como sus áreas marginales y distintas ecorregiones terrestres) hacia la ecología. Nos volcamos al estudio de la estructura y distribución de comunidades tanto acuáticas como terrestres. Se fueron incluyendo distintas escalas, el tramo de un río, su cuenca y luego integrando toda la ecorregión. Los temas de interés se multiplicaron junto con la incorporación nuevos integrantes (gradiente de diversidad, especies exóticas, uso de la tierra, rasgos de vida, estudios morfológicos, reproductivos, morfo-funcionales, etc.). La formación de recursos humanos, nuevos taxónomos en distintos grupos así como ecólogos especializados en distintos campos de la riqueza y diversidad, fue ampliando la capacidad del equipo de trabajo y ésto nos permitió abordar otras temáticas y fortificar además el conocimiento taxonómico de los grupos estudiados. Paralelamente nos aproximamos a aspectos aplicados de nuestras investigaciones, tales como el desarrollo de bioindicadores en ríos y diseño de estrategias de manejo de cuencas. También nos fuimos conectando con las necesidades y la problemática de la comunidad e implementando medios para transferir nuestro conocimiento hacia la misma, lo que resultó en, por ejemplo, un convenio con el Ministerio de Educación de la Provincia, para la incorporación de talleres sobre biodiversidad y calidad de agua en las escuelas rurales de la provincia.

Desde su creación, investigadores y docentes del IBN dirigieron o co-dirigieron 12 tesis doctorales, que versaron sobre sistemática, filogenia, biogeografía, limnología, contaminación y bioindicación, y aspectos morfo-funcionales tanto de invertebrados como vertebrados.

En la actualidad se están desarrollando otras tesis, sobre otros temas como aspectos socio-económicos de la contaminación, impacto del cambio climático sobre el desarrollo y distribución de organismos acuáticos, movimiento en sistemas tendinosos de vertebrados, etc.